Η δυσλειτουργία του θυρεοειδούς μπορεί να προκαλέσει υποθυρεοειδισμό ή υπερθυρεοειδισμό, λειτουργικές παθήσεις, οι οποίες δεν αλλάζουν απαραίτητα την μορφολογία του αδένα. Οι παθήσεις αυτές αντιμετωπίζονται αρχικά με φάρμακα, προκειμένου να ρυθμιστεί η έκκριση σε φυσιολογικά επίπεδα. Σε περιπτώσεις που η θεραπεία με συντηρητικά μέσα δεν είναι αποτελεσματική, η χειρουργική αφαίρεση του θυρεοειδούς (θυρεοειδεκτομή) είναι αυτή που προσφέρει την οριστική λύση.
Εκτός από τις λειτουργικές παθήσεις του θυρεοειδούς, υπάρχουν και οι μορφολογικές παθήσεις, οι οποίες συνήθως δεν επηρεάζουν την λειτουργία του. Οφείλονται στην παρουσία ενός ή πολλών όζων (σφαιρικά ογκίδια), οι οποίοι αλλάζουν το σχήμα και το μέγεθος του αδένα. Στις παθήσεις αυτές ανήκουν η οζώδης και η πολυοζώδης βρογχοκήλη.
Η πιο συχνή μορφολογική οντότητα είναι η πολυοζώδης βρογχοκήλη, η θεραπεία της οποίας σπανίως είναι εφικτή με φαρμακευτική αγωγή. Ειδικότερα, οι βρογχοκήλες που ενοχλούν στην αναπνοή και την κατάποση, όσες είναι καταδυόμενες στο θώρακα του ασθενούς, όσες υπερπαράγουν ορμόνη και οι κακοήθεις χρήζουν χειρουργικής αντιμετώπισης.
Ο καρκίνος του θυρεοειδούς αδένα, αν και σπάνιος, είναι ο συχνότερα εμφανιζόμενος καρκίνος των ενδοκρινών αδένων. Εμφανίζεται στο 1-2% του γενικού πληθυσμού και κυρίως στις γυναίκες. Μορφές του είναι ο θηλώδης, ο θυλακιώδης, ο μυελοειδής και ο αναπλαστικός καρκίνος, ο οποίος αποτελεί και την πιο επιθετική μορφή καρκίνου του θυρεοειδή.
