Τα κυριότερα συμπτώματα είναι πόνος στην κοιλιά, ιδιαίτερα στο δεξιό κάτω μέρος της κοιλιάς, διάρροια και απώλεια βάρους. Οι ασθενείς με ενεργό νόσο Crohn συχνά νοιώθουν πολύ κουρασμένοι και σε εξάρσεις της νόσου να έχουν και πυρετό. Η αναιμία που συχνά παρουσιάζουν συμβάλει στην κούραση.
Μία μικρή μερίδα ασθενών με νόσο του Crohn υποφέρει από τις λεγόμενες εξωεντερικές εκδηλώσεις της νόσου, δηλαδή επεισόδια ή φλεγμονές που επηρεάζουν τα μάτια, το δέρμα, το στόμα, τις αρθρώσεις και την σπονδυλική στήλη.


